Durch viele unterschiedliche Eingriffe in den Gewässerhaushalt sind seit dem Beginn des 20. Jahrhunderts zahlreiche Prozessabläufe der Isar nachhaltig gestört. Die Dynamik des Alpenflusses mit ihrem System aus Erosion, Um-, Ablagerung und Sukzession ist heute weitestgehend verloren gegangen. Durch den Bau des Sylvensteinspeichers und damit einhergehenden Eintiefungstendenzen sowie die fehlende Geschiebefracht unterhalb des Speichers wurde zum Beispiel die typische Ausprägung der Isaraue stark verändert. Auch oberhalb des Speichers ist das „System Isar“ durch die Ableitung von erheblichen Abflussanteilen zum Walchensee deutlich gestört.
Das Hauptziel des vom Isartalverein e.V. in Angriff genommenen Teilprojekts ist, die auf den flussbaulich gestörten Flächen noch vorhandene wildflusstypische Vegetation und Tiere durch Beweidung langfristig in einem guten Zustand zu erhalten. Die Beweidung wird mit Ziegen, Eseln und einzelnen Rindern auf mittlerweile knapp 60ha Kalkmagerrasen durchgeführt. Mit Hilfe eines Monitorings wird der Zustand der Vegetation und das Vorkommen der gefleckten Schnarrschrecke jeweils vor und regelmäßig während der Beweidung aufgenommen. Damit sollen die Auswirkungen der Beweidung erfasst und bewertet werden, um ggf. das Weideregime während der Projektlaufzeit noch anpassen zu können. Die Maßnahmen werden auf Fachsymposien vorgestellt und diskutiert sowie im Rahmen von Führungen und Vorträgen Fachleuten und der breiten Öffentlichkeit erläutert (siehe auch Poster „Weideprojekt Isarauen“).
Die Beweidung wird auch nach Beendigung des Hotspot-Projektes im März 2021 fortgeführt und über das Vertragsnaturschutzprogramm gefördert.